Halsfisteln und Halszysten entstehen durch Fehlentwicklungen der Eingeweide des Halses, sie sind also angeboren.
Man unterscheidet mediane Halszysten oder -fisteln auf der Mittellinie des Halses von lateralen (seitlichen) oder branchiogenen Fisteln oder Zysten in der Umgebung des Musculus sternocleidomastoideus.