Agaropektin ist ein nicht-gelierendes Polysaccharid aus β-1,4 und α-1-3 glycosidisch verknüpfter D-Galactose sowie 3,6-Anhydro-L-Galactose. Etwa jeder zehnte Galactose-Rest ist an O-6 mit Schwefelsäure verestert und enthält zusätzliche Sulfat-Reste. Zudem sind 1 % Uronsäuren enthalten und es sind Pyruvat-Gruppen als 4,6-Ketal an die D-Galactose gebunden. Es ist mit 30 % neben Agarose wesentlicher Bestandteil von Agar.